盟教育局设11个内设科室。
(一)办公室
负责机关日常运转,承担文电、会务、机要、档案、安全保密、信访、政务公开、制度建设等工作;承担机关财务、资产管理等工作。
(二)教师工作科(盟汉语言文字工作委员会办公室)
负责指导全盟中小学校长队伍管理工作。会同有关部门监测全盟学校的编制配备情况。负责全盟各级各类教师、校长、行政干部的培训、表彰奖励、职称评聘、教师补充及骨干教师、教学能手、学科带头人、教育名师等评审工作。规划并指导全盟中小学教师队伍和教师培训机构建设;负责教师教育标准的组织实施;组织开展中小学教师的继续教育工作;指导全盟中小学校绩效工资、岗位聘用和教师建设工作。负责教育系统国际合作与交流和对外宣传工作;规划并指导对外汉语教学和中外合作办学管理工作;负责举办国际教育展览及所属事业单位和直属学校出国(境)团组的申报。制订并组织实施全盟汉语言文字工作中长期规划;协调指导和监督检查部门、行业的汉语言文字工作;指导普通话和规范汉字的培训测试以及普通话师资培训;承办盟汉语言文字工作委员会的具体工作。
(三)规划财务科
拟订全盟教育事业发展的中长期规划;负责教育基本信息统计、分析工作;规划指导中小学学校布局调整和管理体制改革工作;组织实施中等、初等教育各类学校设置标准;拟订直属学校基本建设计划;指导教育基本建设、教育系统网络信息化建设和学校后勤社会化改革管理工作。负责校舍安全档案及信息系统建设。负责本部门教育经费的统筹管理,会同有关部门制定教育经费筹措、教育拔款、教育基本建设投资政策和管理制度;负责直属单位国有资产、预决算、义务教育保障机制经费、教育专款经费、教育赠款、教育贷款、教育收费、教育项目资金管理工作;负责教育经费投入情况统计工作。负责直属单位财务审计工作。
(四)基础教育科
指导全盟基础教育、民族基础教育、特殊教育、民办基础教育和扫盲工作;指导基础教育教学改革,组织实施基础教育的基本教学文件及评估标准;规范基础教育办学行为,指导中小学校的德育、法制、劳动、共青团、少先队和校外教育;规范教材建设工作;指导中小学电化教育、教育信息化、教育装备技术、教学研究、教育科研和招生考试工作。
(五)职业教育与成人教育科
指导全盟中等职业教育、民族中等职业教育、民办中等职业教育、成人教育工作;组织实施中等职业教育教学指导文件、教学评估标准;负责中等职业学校学生的学籍管理、职业指导和教师的培训工作;指导中等职业教育、成人教育专业设置、技术装备、教育信息化、教材建设,组织审定地方教材;宏观指导职工教育、农牧民教育、社区教育及各类成人教育;监控校外培训机构。
(六)民族教育科
统筹协调和指导全盟民族教育工作,研究制订有关政策措施并组织实施;规划并指导民族教育“双语”教学和教材建设;负责蒙古文现代远程教育资源开发建设工作;协调指导民族教育师资队伍建设、教育技术装备、教育信息化、教育教学研究和协作交流;负责民族教育领域内的特殊性工作;指导全盟教育系统民族团结教育和少数民族语言文字规范化工作。
(七)学前教育科
制定全盟学前教育发展规划和年度计划,并负责组织实施。负责全盟学前教育管理工作,指导和管理公办和社会力量举办的托儿所、幼儿园的教育教学工作。
(八)高等教育科
指导全盟高等教育工作,指导高校思想政治建设、人事制度改革工作,协助高校科学规划学校发展、专业建设、人才培养、招生就业,协助推动校企合作、产教融合。
(九)体育卫生与艺术教育科
指导全盟学校体育、卫生、艺术教育工作,组织实施有关体育、卫生、艺术教育工作的指导性文件;组织管理各类学校体育竞赛和艺术等活动;指导学校体育、卫生、艺术基础设施建设和专业师资培训;指导并协调学校国防教育和学生军训工作。
(十)安全科
负责全盟中小学校的安全管理工作。制定预防措施,建立安全应急预案及应急机制。对学校安全管理人员进行培训,开展中小学师生安全教育宣传活动。牵头负责校园及周边治安综合治理工作。
(十一)督导室(盟行政公署教育督导委员会办公室)
拟订全盟教育督导的规章、制度、办法和评估标准;组织实施对中等及中等以下教育、扫除青壮年文盲工作的督导评估和检查验收;经授权,对下级人民政府教育工作进行执法监督、检查;组织开展基础教育发展水平和质量监测;发布教育督导报告;指导全盟教育督导工作;承担盟行署教育督导委员会的具体工作。负责全盟教育改革与发展战略的研究并就重大问题进行政策调研;研究制定全盟教育法制建设规划、计划并组织实施;牵头起草全盟综合性教育工作规范性文件及规章制度;指导全盟教育法制建设工作;负责教育行政执法监督、行政复议及机关规范性文件审查备案等工作。
盟委教育工作领导小组秘书组设秘书科。
机关党委(人事科)。负责机关和所属单位党群、纪检工作。负责局机关及所属事业的人事劳资、机构编制、干部管理、所属事业单位领导班子年度实绩考核和校长绩效考核工作。承担盟委教育工作委员会的日常工作。